Un total de 909 espèces de végétaux, champignons et lichens ont été recensées sur les Marais du Vigueirat.
Des espèces locales
Parmi elles, on trouve plus de 600 espèces de plantes vasculaires dont 41 espèces qui bénéficient d’un statut de protection ou qui présentent un intérêt patrimonial. Parmi elles, on observe sur les sentiers au printemps la Nivéole d’été, bien reconnaissable par ses fleurs en forme de clochettes blanches.
D’autres espèces, moins visibles mais présentant un intérêt patrimonial, sont aussi recensées sur le site comme la Scorzonère à petites fleurs, le Pigamon luisant, la Grande douve ou le Cranson à feuilles de pastel. Le Petit Nénuphar pelté, espèce que l’on pensait disparue de Camargue, a été retrouvée dans le Canal du Vigueirat, formant la seule station connue dans le delta.
Présentant un intérêt patrimonial moindre, mais néanmoins typiques de Camargue et des milieux salés (appelés sansouïres), la Soude ligneuse, les salicornes et les saladelles sont aussi très facilement observables sur le site.
Des plantes invasives
Les Jussies, par exemple, sont des plantes aquatiques qui forment de grands herbiers au-dessus de l’eau et qui ont une capacité de croissance et de dispersion exponentielle. Elles empêchent ainsi toutes les autres plantes aquatiques de se développer et favorisent l’envasement qui, à terme, impacte également la faune aquatique, entraînant ainsi un déséquilibre dans l’écosystème. C’est pourquoi de nombreuses actions d’arrachage de cette plante sont pratiquées sur le site par le gestionnaire, qui peut également intervenir sur le territoire pour d’autres gestionnaires d’espaces naturels dans le cadre du développement de ses chantiers d’insertion.
Plusieurs espèces exotiques envahissantes sont identifiées sur le site. 13 espèces sont dénombrées parmi lesquelles on retrouve les Jussies Ludwigia grandiflora et Ludwigia peploides, le Séneçon en arbre Baccharis halimifolia et l’Herbe de la Pampa Cortaderia selloana qui font l’objet d’une régulation active sur le site depuis plusieurs années. Ces plantes ont été importées en Europe notamment pour leur qualité d’ornement mais constituent aujourd’hui ce qu’on appelle des espèces invasives qui sont néfastes pour la biodiversité locale.